这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。
坂本真绫 三石琴乃 伊藤静 高山南 楢桥美纪 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 木村雅史 藤原启治 浪川大辅 矢岛晶子 铃木玲子 伊东美弥子 大友龙三郎 平田广明 上田祐司 根谷美智子 阪口大助 大本真基子 堀内贤雄 胜杏里 指原莉乃 纳谷六朗 玉川纱己子 宫泽正 七绪春日 富泽美智惠 宇贺夏美
兴津和幸 坂本真绫 山寺宏一 神木隆之介 三石琴乃 大原沙耶香 林原惠美 绪方惠美 宫村优子 石田彰 山口由里子 立木文彦 清川元梦 子安武人 优希比吕 长泽美树 中务贵幸 中村源太 大塚明夫 关智一 泽城美雪 伊濑茉莉也 川田绅司 下山吉光 斋藤千和 内山昂辉 手冢弘道 岩男润子 小野冢贵志 胜杏里 仪武祐子 武藏真之介 新祐树 前田玲奈 岩永哲哉 星野充昭 佐藤蓝 塙爱美 村田知沙 堀越真己 泷泽罗子 八百屋杏 虎岛贵明
宫野真守 细谷佳正 诸星堇 神谷浩史 坂本真绫 石田彰 小山力也 福山润 高桥李依 雨宫天 小野贤章 宫本充 岛村侑 手冢弘道 谷山纪章 中井和哉 诹访部顺一 丰永利行 中博史 小见川千明 中村千绘 上村祐翔 花仓洸幸
大川透 坂本真绫 山寺宏一 三石琴乃 大原沙耶香 林原惠美 绪方惠美 宫村优子 石田彰 山口由里子 立木文彦 清川元梦 子安武人 优希比吕 长泽美树 麦人 山崎和佳奈 关智一 野田顺子 岩男润子 入江崇史 山村响 小野冢贵志 西村知道 泷知史 中博史 佐久间玲 岩永哲哉 藤本隆弘 宇垣秀成 室园丈裕 丸山咏二 Kanemaru·Junichi 金丸淳一 世户沙织 杉崎亮
坂本真绫 山寺宏一 三石琴乃 大原沙耶香 林原惠美 绪方惠美 宫村优子 石田彰 山口由里子 立木文彦 清川元梦 优希比吕 长泽美树 麦人 山崎和佳奈 大塚明夫 泽城美雪 伊濑茉莉也 野田顺子 手冢弘道 小野冢贵志 齐藤佑圭 宫崎宽务 胜杏里 仪武祐子
三石琴乃 清川元梦 能登麻美子 关智一 市村正亲 田中裕二 井上麻里奈 竹内都子 水田山葵 大原惠美 嘉数由美 木村昴 陈美贞 北村谦次 深田爱衣 观月亚理莎 Toriumi Katsumi 大西健晴 小伏伸之 天神林知美 佐藤奏美 岩田龙门